Старая структура ИГХ СО РАН действующая до декабря 2013 г.:
Структура Института включала 13 научно-исследовательских лаборатории в составе 5 отделов, 1 научно-исследовательскую лабораторию вне отделов, 1 аналитическую группу (в составе отдела проблем прикладной геохимии), опытный участок (в составе отдела физики твердотельных материалов), а также аппарат управления, научно-вспомогательные и производственные подразделения. Структура утверждена протоколом Ученого совета Института №5 от 15 мая 2006 г. с изменениями (протокол Ученого совета № 2 от 7 февраля 2007 г., № 3 от 28 февраля 2007 г.).
